Om veiligheid en stabiliteit in Afghanistan te realiseren werken de International Security Assistance Force (ISAF, onder leiding van de NAVO) en Operation Enduring Freedom (OEF, onder leiding van de Coalition Forces) nauw samen met de Afghaanse veiligheidstroepen (leger en politie). De bijdrage van ISAF in Afghanistan is erop gericht om de stabiliteit te verzorgen die nodig is voor effectieve ontwikkeling. Daarvoor zijn zgn. Provincial Reconstruction Teams (PRT's) opgericht, die inmiddels in 26 van de 34 provincies opereren. De PRT’s zijn goede voorbeelden van de nauwe civiel-militaire samenwerking in Afghanistan: de militaire zorgen voor de veiligheid in de provincie, de civiele componenten van het PRT dragen bij aan zaken als goed bestuur en opbouwactiviteiten. Nederland heeft in de periode augustus 2004 t/m oktober 2006 een PRT in de provincie Baghlan (noord Afghanistan) gehad, dat inmiddels is overgedragen aan de Hongaren. Per augustus 2006 heeft Nederland de leiding over het PRT in Uruzgan (zuid Afghanistan).

In Uruzgan is de opbouw van de veiligheidssector in ontwikkeling en voor Nederland zijn de training van het leger en de politie belangrijke aandachtsgebieden. Nederland is betrokken bij de training van het leger via zgn. Official Military Liaison Teams (OMLT's) en bij de training van de zgn. auxiliary police. Ook draagt Nederland bij aan het Law and Order Trustfund (LOTFA), waaruit o.a. de politiesalarissen worden betaald. In 2006 en 2007 heeft Nederland in totaal zo'n €20 mln aan dit trustfund bijgedragen. Verder heeft Nederland tientallen checkpoints voor de politie in Uruzgan gerealiseerd en wordt gewerkt aan het ontwikkelen van een politie trainingscentrum in Uruzgan.

Buiten het PRT is Nederland ook op andere manieren nauw betrokken bij het verbeteren van veiligheid en stabiliteit in Afghanistan. Een programma waar Nederland aan bijdraagt is het zgn DIAG-proces: het ontmantelen van illegaal gewapende groepen. Naar schatting bestaan er ongeveer 3000 van deze groepen door het hele land, vaak overblijfselen van de 28-jarige oorlog die Afghanistan tot de val van de Taliban teisterde. Het DIAG-programma is erop gericht deze groepen te ontwapenen en weer te laten re-integreren in de samenleving. Nederland heeft op gelijke wijze in het DDR-programma (dat medio 2005 ten einde liep) bijgedragen aan de re-integratie van de oude Afghaanse veiligheidstroepen in het nieuwe Afghaanse leger of in andere (civiele) banen. Andere aandachtsgebieden van Nederland zijn ontmijning en wapen- en ammunitievernietiging.

Een andere belangrijk element voor stabiliteit is de drugsbestijding. Afghanistan is één van de grootste producenten van papaver, en de daaraan gekoppelde illegale handel zorgt voor veel instabiliteit en (vaak gewapende) criminaliteit. Nederland zorgt voor alternatieven voor boeren die op dit moment voor hun inkomsten afhankelijk zijn van papaver. Naast projecten gericht op rurale ontwikkeling worden activiteiten uitgevoerd om de bewustwording van de gevaren van drugsgebruik te vergroten. Op het gebied van interdictie geeft Nederland financiële ondersteuning aan de Afghaanse Counter-Narcotics Police voor de bouw van een kantoor in Uruzgan. De Nederlandse bijdrage hiervoor loopt via UNODC.